Ok, j'ai la même configuration que toi et j'ai eu le même problème.
Je vais te donner une solution beaucoup plus simple à mettre en oeuvre.
Va sur le site DarkFader.net et télécharge le fichier .sav de Mario 64 (E). http://darkfader.net/ds/games/?sav=A87029715DEC477C
Renomme ce fichier en sram.dat et place le à la racine de ta SD ou CF. Assurre toi également d'avoir la dernière mise a jour de ton M3.
Démarre ton M3 en mode GBA sans le passkey2 et une fois au menu, tu éteinds ta DS.
Là, tu mets le passkey avec la cartouche de Mario 64 et avec l'interrupteur en monde cartouche et non en mode passkey (tres important!!!). (si version mondiffier du passkey d'origine)
La tu allumes la console et elle démarre directement le M3 en mode NDS.
C'est fini, tu as le menu, tu peux donc retirer le passekey pour le remplacer par une cartouche. (pour plus de durée de vie de la batterie.)
J'espère que ca t'aidera c'est que j'ai fait hier soir et ca marche impec.
je retoure au boulo